Poiché il Tomato Brown Rugose Fruit Virus infetta le piante di pomodoro e peperone in tutto il mondo, le aziende sementiere stanno lavorando per allevare un pomodoro resistente.
Ricche risorse genetiche e genomiche erano disponibili per i coltivatori di pomodori anche prima dell'inizio dei progetti di sequenziamento genomico del pomodoro. Grandi collezioni di germoplasma di pomodoro sono state a lungo stabilite in diverse località. Più di 75,000 accessioni di pomodori sono conservate nelle banche genetiche di tutto il mondo. Uno dei più grandi è la banca genetica dell'USDA a Ginevra, New York.
Il sequenziamento del genoma del pomodoro è stato avviato nel 2005 come sforzo multinazionale tra 14 paesi e completato nel 2012. Questi sforzi sono stati notevolmente accelerati con l'applicazione di intelligenza artificiale, apprendimento automatico e algoritmi avanzati per analizzare grandi quantità di dati genetici e fenotipici.
Pomodoro Pan-Genoma
I ricercatori del Boyce Thompson Institute nel 2020 hanno creato un genoma di riferimento di alta qualità per i pomodori selvatici per produrre un pan-genoma di pomodoro più completo e utile. Hanno scoperto sezioni del genoma che sono alla base del sapore, della dimensione e della maturazione della frutta, della tolleranza allo stress e della resistenza alle malattie. Grazie in parte a tecnologie di sequenziamento all'avanguardia in grado di leggere pezzi di DNA molto lunghi, il genoma di riferimento è più completo e accurato del database esistente.
Le vecchie tecnologie di sequenziamento che leggono frammenti di DNA più brevi identificano le mutazioni a livello di base singola. Tuttavia, non sono bravi a trovare varianti strutturali come inserzioni, delezioni, inversioni o duplicazioni di grandi pezzi di DNA.
Nel 2019, un gruppo internazionale di ricercatori ha costruito un pan-genoma di pomodoro utilizzando sequenze genomiche di 725 varietà filogeneticamente e geograficamente rappresentative. Questo database include 4,873 geni non trovati nel genoma di riferimento originale. Le analisi delle variazioni presenti/assenti hanno rivelato una sostanziale perdita di geni e un'intensa selezione negativa di geni e promotori durante l'addomesticamento e il miglioramento del pomodoro.
Leggi l'articolo completo su www.seedworld.com.